Bevor Alcatraz zu dem berüchtigten Ort wurde, der es heute ist, war es einfach eine felsige, von Vögeln bevölkerte Insel. Im Jahr 1775 kartierte der spanische Entdecker Juan Manuel de Ayala die Bucht von San Francisco und nannte die Insel La Isla de los Alcatraces, Insel der Pelikane. Seine strategische Lage machte ihn zu einem natürlichen Aussichtspunkt, aber er blieb bis Mitte des 19. Jahrhunderts unbebaut.
Im Jahr 1846 erwarben die USA Kalifornien und 1850 erklärte Präsident Millard Fillmore Alcatraz zum Militärreservat. Was folgte, war die Umwandlung eines natürlichen Felsvorsprungs in die am stärksten befestigte Stätte der Westküste.