Avant qu'Alcatraz ne devienne le site tristement célèbre qu'il est aujourd'hui, il s'agissait simplement d'une île rocheuse peuplée d'oiseaux. En 1775, l'explorateur espagnol Juan Manuel de Ayala a cartographié la baie de San Francisco et a nommé l'île La Isla de los Alcatraces, Île des Pélicans. Sa position stratégique en faisait un point de vue naturel, mais il est resté inexploité jusqu'au milieu du 19e siècle.
En 1846, les États-Unis ont acquis la Californie et, en 1850, le président Millard Fillmore a fait d'Alcatraz une réserve militaire. Il s'ensuivit la transformation d'un affleurement naturel en le site le plus fortifié de la côte ouest.