Voordat Alcatraz de beruchte plek werd die het nu is, was het gewoon een rotsachtig eiland bevolkt door vogels. In 1775 bracht de Spaanse ontdekkingsreiziger Juan Manuel de Ayala de Baai van San Francisco in kaart en noemde het eiland La Isla de los Alcatraces, Eiland van de Pelikanen. Door de strategische ligging was het een natuurlijk uitkijkpunt, maar het bleef onontwikkeld tot halverwege de 19e eeuw.
In 1846 verwierf de VS Californië en in 1850 wees president Millard Fillmore Alcatraz aan als militair reservaat. Wat volgde was de transformatie van een natuurlijke uitloper tot de meest versterkte plek aan de westkust.