Antes de Alcatraz se tornar o local infame que é hoje, ela era simplesmente uma ilha rochosa habitada por pássaros. Em 1775, o explorador espanhol Juan Manuel de Ayala mapeou a Baía de São Francisco e batizou a ilha de La Isla de los Alcatraces, Island of the Pelicans. Sua posição estratégica o tornou um ponto de observação natural, mas permaneceu subdesenvolvido até meados do século XIX.
Em 1846, os EUA adquiriram a Califórnia e, em 1850, o presidente Millard Fillmore designou Alcatraz como uma reserva militar. O que se seguiu foi a transformação de um afloramento natural no local mais fortificado da Costa Oeste.